Năm 2007, Bộ Chính trị Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam quyết định thành lập Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương trên cơ sở tổ chức lại 7 đảng bộ khối trực thuộc Trung ương và Ban cán sự đảng Ngoài nước, bao gồm tổ chức đảng trong các cơ quan Trung ương của Đảng, Nhà nước, Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể, tổ chức xã hội ở cả trong và ngoài nước[4]

Từ 92 tổ chức đảng trực thuộc Đảng ủy Khối đến năm 2010 còn 60 tổ chức đảng trực thuộc, trong đó có 34 đảng bộ cấp trên cơ sở, 26 đảng bộ cơ sở[4]

Đến 6/2020, Đảng ủy Khối có 34 đảng bộ cấp trên cơ sở, 563 đảng bộ cơ sở, 533 chi bộ cơ sở, 101 đảng bộ bộ phận, 5.437 chi bộ trực thuộc đảng ủy.